Trước năm 1980, xã là một phần của xã Tây Nam.

Trước năm 1975, xã nằm trong vùng Tam Giác Sắt, là vùng có chiến tranh ác liệt bậc nhất Miền nam Việt Nam.

Năm 1976 đến 1979 là một phần của xã Tây Nam.

Xã Phú An cùng với các xã An Điền và An Tây, được thành lập năm 1979 trên cơ sở chia tách từ xã Tây Nam[4]. Trung tâm xã Tây Nam (cũ) nay thuộc xã Phú An.